贵珊瑚的颜色因为有机质的积累而变化，很多贵珊瑚都有白芯的现象，不过这和染色珊瑚的颜色不均匀是不同的。白芯不是渐变色的，是一个界限较为分明的白点，也许会反复出现，从而形成了几个靠近中心的白圈。很多珊瑚枝的末端呈现为白色，这是正常现象。
因为贵珊瑚的钙质骨针，融合成束状，形成了古轴，所以在有机结构上，贵珊瑚有以下几个重要鉴定特征。从红珊瑚的剖面图来看的话，营养管是在外侧的，里侧的是骨针。在纵横面上，珊瑚虫的体腔特征表现为平行波状条纹，颜色和透明度很少有变化。
没有经过打磨的贵珊瑚表面会因为营养管的分解而呈现出细槽状，柳珊瑚目的很多珊瑚都会有这个问题出现。因为种类不同，粗细会有区别。横截面上呈现的为放射状、同心圆状结构。有时可以见到白芯。一般来说，打磨成球状的珊瑚侧面会有条纹状，但是结构细密、不容易看到；或者是同心圆的环形点状。
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